Я вижу две вещи.
1. Сирийская система ПВО должна была заблаговременно получить от российских ВКС на а/б Хмеймин заявку о полёте Ил-20, чтобы та могла его идентифицировать в воздухе. Коды опознавания системы "свой-чужой" им навряд ли передавали. Потому что это совсекретные вещи, а сирийцы секреты хранят плохо. Поэтому просто должна была пройти заявка о полёте -- как это делают с гражданскими самолётами, на борту которых нет военной системы опознавания. Это в случае, если между российскими и сирийскими системами ПВО отсутствует автоматический обмен радиолокационной информацией в режиме реального времени. Если такой обмен есть, то по данным российских РЛС этот Ил-20 должен быть опознан как свой самолёт и эта информация должна была быть передана сирийцам. Однако судя по результату, чёткого взаимодействия налажено не было. Рукожопость проявилась на организационном, т.е. генеральском, уровне и, возможно, на техническом, т.е. на уровне офицеров, ответственных за обеспечение взаимодействия.
2. Боевой расчёт сирийского ЗРК С-200 решение об обстреле воздушной цели принимал не сам, а по команде с сирийского КП ПВО, откуда получил целеуказание -- координаты цели и команду её уничтожить. Опознать цель, взятую на сопровождение, не имея кода системы опознавания, офицер-оператор ЗРК не мог. Но при высоком уровне подготовки он мог бы обратить внимание на слишком большую яркость отметки от цели на экране индикатора захвата. Это сделать трудно, но при определённом навыке возможно. Что ещё многих из вас может удивить, отметки на этом экране отображаются в координатах дальность -- радиальная скорость, а не азимут -- дальность. То есть это совсем не похоже на кусок карты и понимание обстановки требует особых навыков. В любом случае оператор захвата совершил роковую ошибку. Примерно, как это вероятно случилось при сбитии малайзийского "Боинга". Это тоже рукожопость, но на уровне исполнителей.
Попутно ещё хочу кое-что добавить. В середине 1970-х, будучи капитаном, я защитил кандидатскую диссертацию, посвящённую распознаванию самолётов по данным РЛС (для разумного сужения области исследования речь шла только о многочастотном некогерентном типе зондирующего сигнала). Но в целом я хорошо знаком с этим предметом. В то время в Минском высшем инженерном зенитно-ракетном училище подполковник Шеломенцев защитил докторскую диссертацию, основанную на изобретённом им способе извлечения звука работающих двигателей воздушной цели из отражённого когерентного сигнала радиолокатора. Для ЗРК С-200 (у него когерентный локатор) была изготовлена экспериментальная аппаратура, и я сам как-то на военно-научной конференции послушал образцы звукозаписи Шеломенцева. По ним запросто можно было отличить, скажем, авиалайнер Ил-18 от Ту-104 или от самолёта-истребителя. К сожалению, для серийного ЗРК С-200 эту аппаратуру создавать не стали. (Не знаю, как было в дальнейшем в конце 1990-х). Но для ЗРК "Бук" какое-то количество такой аппаратуры было изготовлено, и ею были оснащены некоторые локаторы. Но позже эту аппаратуру удалили. Вероятно из-за того, что пользование ею требовало хороших навыков и отвлекало внимание операторов ЗРК, чья работа в боевой обстановке и без того была очень напряжённой.
К чему я это пишу? Если бы (у бабушки были яйца...) такая аппаратура была установлена на сирийском ЗРК, да ещё если бы офицер-оператор был хорошо натренирован, то при захвате цели на сопровождение он явственно услышал бы звук четырёх турбовинтовых двигателей этого злосчастного Ил-20 и не нажал на кнопку "Пуск". И тогда бы мы эту тему тут не обсуждали. И ещё не был бы сбит малайзийский "Боинг", если бы...