Из линуксовых это, байты, пакеты, ретрансмиты, CPU stats, rss, vsize, FDs, minor/major page faults, threads, etc...
из MBean-ов, GC times, GC pool sizes, cpu counters, etc...
Oбычно, когда апп доведен до ума, линуксовских метрик хватает для понимания общей ситуации и потенциальных проблем, из MBean–ов, самое главное это GC pauses.