В тестовом режиме приложение (написанное на .NET, в итоге будет Windows Service) запускает командную строку, где запускает жабу чтобы encrypt/decrypt файл. Это естественно уродство, дикие тормоза, короче суть не в этом. Пытаюсь на .NET 2.0 написать аналогичный encryptor/decryptor. Естественно использую те же сертификаты, что и для жаба-тулкита, получаю в итоге PKCS#7, который могу decrypt, но только в .NET! Жабовский тулкит не хочет .netовкий PKCS#7 понимать, а .netовский не понимает то, что генерит жаба. Естественно надо, чтобы было взаимопонимание, т.к. на принимающей стороне крутится все на жабе. Где-то грабли небось, уже второй день гуглюсь, но толку никакого
Пробовал через CAPICOM -- результат тот же, что и с родным System.Security.Cryptography.Pkcs в .NET 2.0 
Проект действительно очень интересный. Не знаю насколько серьезные вещи поддаются конвертации, но примитив а ля Hello World работает на ура 
