В самба конф надо посмотреть, куда самба ходит за пользователями, если есть сточка типа самба-юзерс и файл то надо посмотреть есть ли там пользователь руут, эта строчка с руутом может иметь вид руут=юзер_вася, то есть при логине в домен для админских операций нужен этот юзер - его логин и пароль.
пара хороших мануалов по совместной работе самбы и вин2ка нужна поскольку всякие гадкие правки реестра по энрипшну паролей требуются